为了避免在运输和存放生物有机肥过程中造成不必要的损失，必须做到：⑴、运输和存放时应避免和碳酸氢铵、钙镁磷肥等碱性肥料混放。⑵、生物有机肥遇水容易导致养分损失，在过程中应避免淋雨，则要在干燥通风的地方。⑶、内含有益微生物，阳光中的紫外线会影响有益微生物的正常生长繁殖，在运输存放过程中注意遮荫 。
